当将Yubikey接入电脑后，其上会亮起一个绿色的圆环，代表这个USB键盘已经可以正常传输字符了。
当按下Yubikey 上的按钮后，Yubikey 会生成一个44字符组成的字符串，其中包含了12个字符的Yubikey 设备ID，以及32字符的一次性密码(OTP)，字符被限制在字母表内，以便限制密码的熵量。尽管限制了字符范围，但是由于是一次性密码，因此强壮性已经足够了。当用户按下按钮后，一次性密码生成，并经过Yubico在线验证服务器验证或在本地进行复制。验证是根据Yubikey的12个ID字符以及Yubico的时变代码生成的 。个人用户对Yubikey的应用最典型的就是LastPass。